南京市儿童医院创建于1953年4月，前身为南京方济各玛丽亚女修会1936年创办的圣心儿童院。现占地面积28086平方米，建筑面积44651平方米。1990年成为南京大学医学院教学医院，1997年被评为江苏省三级甲等儿童医院， 1999年成为南京医科大学附属医院，是一所集医疗、科研、教学、预防、康复于一体的综合性儿科医学基地。

    医院现有床位420张，临床医技科室35个，专业设置齐全，主要有儿内科（新生儿、呼吸、心内、肾脏、消化、内分沁科、神经内科、血液、中西医结合），儿外科（胸心外科、骨科、普外、脑外、烧伤整形、沁尿外科、新生儿外科），急诊科，门诊部（内、外科门诊，耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、理疗科），儿保康复科，特需医疗服务部，麻醉手术科，药剂科，检验科，放射科，功能检查科，病理科等科室，并设有儿科研究所及呼吸、心血管、新生儿、临床药理研究室，其中省属重点学科4个，市属重点学科2个。2004年门急诊人次95.2万人次，收治住院病儿18834人次。

　　医院现有职工1043人，卫生专业技术人员818人，其中硕士生导师16名，高级职称以上专家111人，43人次在国家级和省级学术机构中任领导职务。拥有享受国务院特殊津贴专家7人，省"135"重点医学人才、省“333”新世纪科学技术带头人、市卫生局“213”人才梯队等业务骨干26人。

　　50年的建设与发展，医院在医疗、科研和教学等方面取得了丰硕成果，形成了一批在全省以至全国处于先进水平的特色专科：省重点专科胸心外科，已开展体外循环心内直视手术近5000例，尤以对低年龄组各类重症复杂先心病的诊断及手术矫治见长，手术患儿最小年龄出生后17小时，已成功施行小儿心脏移植等高精尖手术。泌尿外科成功施行了小儿肾脏移植手术。省重点专科新生儿科已成为“江苏省新生儿急救与低出生体重儿干预中心”，承担新生儿急危重症的院前急救、转运、院内救治及高危儿早期干预治疗任务，新生儿抢救成功率及对新生儿缺血缺氧性脑病的治疗水平处全国先进水平。呼吸科对小儿支气管哮喘的防治水平处于省内领先地位。康复儿保科已成为“南京市脑瘫儿童康复训练指导中心”，在康复训练、心理咨询、营养门诊、语言训练等项目上有独到之处。烧整科、心内科、新生儿外科、骨科、普外科、急诊科都有自己的特色，如新生儿重度唇腭裂矫治术最小年龄仅出生后2小时、联体新生儿分离手术、新生儿心脏肿瘤、颅内肿瘤矫治术、腹腔镜下治疗先天性胆总管囊肿技术、先天性心脏病介入治疗术、髋关节病的诊治技术、婴幼儿特种危重症的诊断、治疗和小儿多脏器功能衰竭的临床研究、小儿自制制剂的研究生产等都形成明显的技术优势。

　　医院坚持"科技兴医"的战略，积极开展科研工作。每年开展局以上科研课题20余项，获省市各项成果奖10余项，在各级专业杂志上发表学术论文160余篇。

　　医院拥有一批实力较强的师资队伍，设小儿内科、小儿外科、小儿传染3个教研室，承担南京医科大学、南京大学医学院等院校儿科理论教学任务。每年接受实习、进修生200余人次，为社会培养了大量的儿科人才。

　　医院还非常注重与世界各国的友好往来，先后与来自美国、加拿大、日本、德国、澳大利亚、斯洛伐克的同行进行学术交流与合作。与加拿大西安大略省儿童医院结为姐妹医院，与美国国际儿童心脏病基金会联合成立了"南京中美儿童心脏病研究中心"。与澳大利亚皇家墨尔本儿童医院、美国霍普儿童医院签订协议书，定期交流合作，不断提高医院的学术诊疗水平。

　　医院拥有高档16排螺旋CT、DSA、数字化胸片机、彩色多普勒超声诊断仪、人工心肺机，全自动生化分析仪、全自动血球计数仪等万元以上设备1000余台，为临床诊断和治疗提供了重要保证。现代化门诊楼及急诊输液中心为就医者提供了舒适的诊疗环境。

　　医院为进一步加快发展，攀登儿科医学领域的新高峰，更好地为广大患病儿童服务，正向上一流服务、一流技术、一流质量、一流设备的现代化儿童医院迈进。